（1）對于可比非受控法的運用，在有可能找到可比非關聯交易的情況下，該方法是符合公平交易原則的最直接、最可靠的方法。但是在現實經濟生活中，各種事實和條件均完全相同的交易幾乎是不存在的。交易中的任何差異均有可能對交易價格產生一定的影響。在這種情況下，就應對有關差異進行一些適當的調整，但所作調整的程度和可靠性將會影響可比非受控價格法分析的有效性。目前在中國，因市場份額、地域、合同期限、支付條款、數量與質量等因素所造成的交易差異很難合理消除，中國稅務機關在實踐中較少采用可比非受控價格法作為調整方法。

（2）在《辦法》發布之前，原規程中提及的“成本加成”概念一直存在爭議。即計算成本加成的基礎應當僅指銷售成本，還是應當同時包括企業的經營費用。而成本加成法的概念在《辦法》第二十五條中得到了明確。即獨立交易價格等于合理成本加上可比非關聯交易的毛利。該計算方法同OECD轉讓定價指南中的描述相一致。因此，廣大納稅人應注意區分該方法與實際業務中通常采用的成本費用加成合理利潤的方法。這也從另外一個角度反映出，企業在進行關聯交易定價時所采用的轉讓定價方法，有可能與理論上進行關聯交易審閱所選用的驗證方法有所不同。

（3）根據《辦法》第三十七條規定，轉讓定價方法不僅要由企業依據自身經營狀況選擇，而且它也是稅務機關用于評價企業關聯交易是否符合獨立交易原則的方法，稅務機關將會根據公開或非公開的信息和資料進行分析和評定。近年來，隨著跨國公司在中國的業務拓展日益龐大，轉讓定價在中國的立法和執法也愈加嚴格，稅務機關對轉讓定價經驗逐漸豐富。企業對此應做好充分的準備，以便向稅務機關提供充足的資料來證明企業的關聯交易符合公平交易原則。

（4）為了給所選擇的轉讓定價方法提供翔實可靠的數據支持，納稅人在向稅務機關提交的同期資料中對于可比性分析部分應盡量條理清晰，以便更好地證明所選擇的轉讓定價方法的合理性。